Juan Muñoz nació el 16 de junio de 1953 en Madrid. Cursó estudios de arquitectura en la Universidad Politécnica de su ciudad natal, completando su formación en Londres, primero en el Central School of Art and Design (1976-1977), y un año más tarde en el Croydon College of Design and Technology (1979-1980). En esa época conoció a la que luego será su esposa, la escultora Cristina Iglesias, con quien tuvo dos hijos.
En 1982, gracias a una beca Fullbright, se trasladó a Nueva York donde estudió escultura y grabado en el Pratt Graphic Center.
Su primera exposición individual la celebró en 1984, en la Galería Fernando Vijande de Madrid.
En 1990 presentó su trabajo por primera vez de manera individual en Estados Unidos, en la Universidad de Chicago, y en 1996 el Reina Sofía organizó su primera retrospectiva en el Palacio Velázquez de Madrid.
Escultor de gran prestigio internacional, a lo largo de su carrera realizó numerosas exposiciones individuales en ciudades de todo el mundo, recibiendo en el año 2000 el Premio Nacional de Artes Plásticas.
Muñoz además de a la escultura, también se dedicó a otras manifestaciones artísticas como el dibujo, la música, la radio o la literatura, colaborando con el escritor John Berger en una obra radiofónica y con músicos como Gavin Bryars, Bill Hawkes y Alberto Iglesias.
Juan Muñoz falleció súbitamente el 28 de agosto de 2001 en Ibiza, tenía 48 años y estaba en la cima de su carrera. En el momento de su muerte la Tate Modern de Londres exponía en la Sala de Turbinas su monumental instalación Double Bind.
Tras su muerte, una comisión internacional de expertos, formada por su viuda la escultora Cristina Iglesias, Neal Benezra, director del Arts Institute de Chicago, el experto en arte contemporáneo James Lingwood, y el historiador Vicente Todolí, vela por la obra y el legado de Juan Muñoz.
